We Wrocławiu Guttmann mógł podjąć studia pod kierunkiem światowej sławy neurologa i neurochirurga profesora Otfrida Foerstera, członka wielu zagranicznych towarzystw neurochirurgicznych. Otfrid Foerster zasłynął również z tego, że w latach 1922-1924 często przebywał w Rosji, aby tam leczyć ciężko chorego Lenina.
W 1927 roku Ludwig Guttmann ożenił się swoją przyjaciółką z okresu studiów Elsą Samuel, dwa lata później urodził im się syn Denis, a w 1933 córka Eva. W 1928 roku dr Ludwig Guttmann podjął pracę jako neurochirurg w liczącej 300 łóżek klinice psychiatrycznej Uniwersytetu w Hamburgu, którą kierował w tym czasie jego mistrz Otfrid Foerster. W rok później został jego asystentem i przewidywany był na następcę na stanowisku szefa kliniki. Na podstawie publikacji naukowej z zakresu neurologii, dr Guttmann habilitował się na Uniwersytecie Wrocławskim w 1930 roku, gdzie następnie prowadził wykłady z neurologii, równocześnie pracując jako Główny Lekarz Wenzel-Hancke-Krankenhaus we Wrocławiu.
Z tego okresu pracy badawczej pochodzą ważne publikacje naukowe Ludwiga Guttmanna z zakresu neurologii. Zwieńczeniem swej kariery naukowej w Niemczech była jego książka „Handbuch der Neurologie” (Podręcznik neurologii), wydana w 1936 roku. W połowie lat trzydziestych, dr Ludwig Guttmann miał już mocno ugruntowaną, bardzo wysoką pozycję w świecie medycznym, a w szczególności pośród neurochirurgów.
W styczniu 1933 roku, Adolf Hitler został kanclerzem Rzeszy. W tym też roku wydał nowe rozporządzenia skierowane przeciwko obywatelom narodowości żydowskiej. W oparciu o jedno z nich, tzw. Berufsverbot, Ludwig Guttmann został zwolniony z funkcji Głównego Lekarza w Wenzel-Hancke-Krankenhaus we Wrocławiu. Równocześnie przejął kierownictwo nad Departamentem Neurologii i Neurochirurgii w Żydowskim Szpitalu we Wrocławiu.
W nocy z 9. na 10. listopada, w tzw. nocy kryształowej, w całych Niemczech paramilitarne bojówki nazistowskie, wspierane przez część mieszkańców dokonały pogromu skierowanego przeciwko ludności żydowskiej. Synagogi zostały spalone, a żydowskie domy, sklepy, a nawet szpitale i szkoły zostały splądrowane. Wiele osób, mieszkańców Wrocławia, szukało schronienia m.in. w szpitalu kierowanym przez dr. Guttmanna. Dr Guttmann bezzwłocznie wydał polecenie, aby każdą osobę, niezależnie od pochodzenia przyjmować do szpitala, pomimo obowiązującego prawa stanowiącego, że lekarze-Żydzi mogą tylko leczyć wyłącznie osoby pochodzenia żydowskiego.
Eva Loeffler, córka dr. Guttmanna, w wywiadzie udzielonym w kwietniu 2011 roku, opisuje te straszne i tragiczne wydarzenia następującymi słowami:
W 1938 roku podczas „nocy kryształowej”, kiedy żydowskie domy i miejsca pracy zostały zaatakowane przez nazistowskie bojówki, ponad 60 osób narodowości żydowskiej schroniło się we wrocławskim szpitalu. Mój ojciec wydał podwładnym polecenie, aby wszystkich – chorych czy też zdrowych – przyjąć na oddział i położyć na łóżkach. Następnego dnia do szpitala weszło gestapo i zażądało od ojca wyjaśnień, dlaczego w nocy miała miejsce tak duża liczba przyjęć na oddział. Mój ojciec był nieugięty: stanowczo twierdził, że wszyscy są chorzy, a wielu cierpi z powodu silnego stresu. Prowadził funkcjonariuszy gestapo od łóżka do łóżka, przedstawiał ich stan zdrowia i potwierdzał, jakie dolegliwości odczuwają poszczególni pacjenci.
Po pogromie z listopada 1938 roku wielu lekarzy zostało aresztowanych, a dr Guttmann otrzymał zakaz opuszczania Wrocławia. Podobnie jak wszystkim Żydom, Guttmannowi skonfiskowano paszport, co uniemożliwiało mu podróżowanie. Ponieważ jednak dr Guttmann był znanym i cenionym lekarzem, więc dygnitarze reżimu sami potajemnie korzystali z jego usług. W 1939 roku na polecenie ministra spraw zagranicznych Niemiec, Joachima von Ribbentropa, dr Guttmann udał się do Portugalii w celu udzielenia pomocy lekarskiej przyjacielowi portugalskiego dyktatora, Antonio de Salazara. Ten epizod z życiorysu Ludwiga Guttmanna relacjonuje również Eva Loeffler:
W 1939 roku, minister spraw zagranicznych Niemiec Joachim von Ribbentrop, polecił ojcu udać się do Lizbony, aby pomóc w leczeniu bliskiego przyjaciela portugalskiego dyktatora Antonio de Salazara, u którego to przyjaciela podejrzewano, że cierpi na guza mózgu. W odpowiedzi ojciec zachował się bardzo sztywno i oficjalnie: „Jakże ja mam się udać w tę podróż, skoro zabraliście mi mój paszport?” Już następnego dnia wszystko było przygotowane i ojciec poleciał do Lizbony. W drodze powrotnej ojciec zatrzymał się w Londynie i spotkał się z osobami z Society for the Protection of Science and Learning (Towarzystwa Ochrony Nauki i Nauczania) – organizacji, która zajmowała się losem Żydów z kręgów akademickich, pomagając im w uzyskaniu potrzebnych wiz imigracyjnych. Od tych osób ojciec dowiedział się, że wizy dla naszej rodziny zostały już wysłane do Berlina z zaznaczeniem, że ojcu oferowana jest praca badawcza w Szpitalu Radcliffe w Oxfordzie. Po powrocie do domu ojciec polecił matce, aby niezwłocznie spakować rzeczy.
O pewnych szczegółach dotyczących przygotowań do wyjazdu, dowiadujemy się także z wywiadu z Evą Loeffler:
To był rok 1939, ja miałam wtedy sześć lat. Pamiętam, byłam nadzwyczaj przestraszona, dużo płakałam, jako małe dziecko czułam atmosferę strachu i smutku, które przeżywali moi rodzice. Chociaż Żydom wolno było zabrać ze sobą meble, ubrania, czy pościel, nie wolno było jednak zabierać ze sobą pieniędzy, złota, srebra, czy wyrobów jubilerskich. Ale urzędnik, który nadzorował pakowanie naszych rzeczy, dzień przed wyjazdem przyszedł do mojej matki i powiedział: „Jutro spóźnię się o jedną godzinę”. To była prawdopodobnie sugestia, abyśmy spakowali co chcemy, ale moja matka była zbytnio przestraszona, aby zabrać coś, co jest niedozwolone. Sądziła, że może to być także pułapka.
Józef Musielok